تتعد اختصاصات وواجبات الإدارة العامة للمجالس الطبية المتخصصة ومن اهم اهدافها واختصاصاتها
تطوير أسلوب أداء الخدمة بما يكفل رفع المعاناة عن المرضي ووصول الخدمة إلي مستحقيها في محافظة الإقامة
وضع البروتوكولات القومية للعلاج لأول مرة في تاريخ الخدمة العلاجية في مصر والتسجيل الطبي للأمراض علي المستوي القومي
شراء الخدمة التشخيصية والعلاجية من جميع جهات التعامل واضعين في الاعتبار مبادئ [الجودة – التكلفة]
التدريب المستمر والمتابعة وتقييم الأداء حيث ان العنصر البشري يلعب دوراً لايمكن اغفاله ويتوقف نجاح العامل في نجاح عمله علي المهارات التي يكتسبها من خلال برامج التدريب التي تقدمها له إدارة التديب
وتقوم إدارة العلاج بالخارج علي علاج المرضي الذين تقتضي حالتهم الصحية السفر للخارج للعلاج علي نفقة الدولة طبقاً لقرارات رئيس الجمهورية
كما تقوم إدارة اللجان الطبية علي فحص المرضي ومناظرتهم اذا لزم الأمر لإتخاذ القرار المناسب وفقا للبرتوكولات العلاجية وبحسب ماتراه اللجنة
ويتم اداء كافة أعمال الإدارة عن طريق الحاسب الألي بما يكفل سرعة اداء المهام ودقة البيانات وكذلك استخراج المعلومات والاحصائيات والتي تصدر عن طريق إدارة الحاسبات والمعلومات لوضع بنية معلوماتية واحصائية عن الأمراض والمرضي والتكاليف والعلاج وكذلك البنية المعلوماتية التحتية لجهات العلاج بمصر بما يكفل دعم اتخاذ القرار
كما تقوم الإدارة العامة للمجالس الطبية المتخصصة بالنظر في حالات التحكيم في المنازعات بين المجالس الطبية العامة وعددها 22 مجلس طبي بالمحافظات عن طريق إدارة فحص التظلمات
كما تقوم إدارة التوجيه والمتابعة بالرقابة علي المجالس الطبية العامة بالمحافظات وجوهر الرقابة ان تكون تصرفات الإدارة واعمالها متفقة مع اللوائح والمنشورات الفنية والقرارات الوزارية
وتقوم إدارة السيارات المجهزة ايماناً منها بالاهتمام الكبير الذي توليه الدولة لذوي الاحتياجات الخاصة ومحاولة تطوير قدراتهم وتفريغ كلمة الاعاقة من معناها ليصبحوا طاقات منتجة بالمجتمع ورفع المعاناة عن هذه الفئة تقوم بمنحهم سيارات مجهزة معفاة من الجمارك
وتقوم لجنة الاصدارات باصدار المنشورات الفنية والكتب الدورية لإزالة الغموض الذي قد يشوب بعض التشريعات السارية واستحداث وتعديل بعض التشريعات القديمة بديناميكية قادرة علي استيعاب ما يستجد من تشريعات
كل هذ يتم وفق منظومة متكاملة بحيث يكفل رفع المعاناة عن المرضي ووصول الخدمة إلي مستحقيها